A qualidade da água merece especial atenção. Reúne um conjunto de características, geralmente mensuráveis, de natureza química, física e biológica. O monitoramento de sua qualidade é um dos mais importantes instrumentos de gestão ambiental e consiste, basicamente, no acompanhamento sistemático dos aspectos qualitativos. É feito regularmente pelo SAEP e apresentado a população anualmente, com todos os dados e informações que comprovam que a água destinada ao consumo é do mais elevado padrão de qualidade.
O monitoramento contínuo é acompanhado por análises sistemáticas - cerca de 80 amostras mensalmente e outras tantas semestralmente - quanto as características físico-químicas e bacteriológicas. O controle começa na captação, com a análise da água bruta e se estende por todas as etapas do tratamento. Cor aparente, turbidez, pH, cloro, flúor, ferro, manganês, alumínio, coliformes totais e fecais e contagem de bactérias heterotróficas são os aspectos avaliados.