Superintendência = É de livre nomeação do Executivo Municipal e recai em pessoa de reconhecida capacidade técnica e administrativa, capaz de gerenciar e comandar todos os projetos de saneamento básico e ambientais desenvolvidos pelo SAEP ou por terceiros. Desde janeiro de 2017, a autarquia está sob o comando do Sr. João Alex Baldovinotti, que conta com uma equipe de mais de 242 profissionais. Estão sob sua responsabilidade todas as decisões administrativas e também os projetos e obras.
Diretoria de Administração = Elabora os concursos públicos, treinamento, controle funcional e demais atividades relativas ao pessoal, aquisição de equipamentos e material, armazenamento e distribuição, conservação e reparo, bem como o controle dos bens patrimoniais. Engloba as seções de Administração; Recursos Humanos; Expediente, Protocolo e Arquivo; Processamento de Dados; Almoxarifado; Máquinas e Veículos; Compras e Licitações.
Diretoria de Finanças = Elabora o orçamento dentro das normas do Direito Financeiro e a sua perfeita execução, verificando o desempenho financeiro/fiscal da autarquia municipal. Suas seções são: Tesouraria, Finanças, Arrecadação e Controle de Contas e Cobranças.
Diretoria Operacional e de Serviços = Gerencia os serviços operacionais e manutenções relativos à rede de distribuição de água, coleta de esgoto sanitário e galerias de águas pluviais. Possui as seções de Gerência de Obras, Orçamentos, Projetos, Hidrometria, Obras, Manutenção de Redes e Saneamento.
Procuradoria = Assessora o superintendente nos assuntos de natureza específica, bem como acompanha processos judiciais sejam eles de natureza trabalhista ou não.
